Omicron: pourquoi retrouve-t-on autant de mutations sur un même variant?

Le variant Omicron du Covid-19 présente un grand nombre de mutations, actuellement à l'analyse, afin de comprendre la virulence et la contagiosité de ce virus.

Le variant Omicron du Covid-19, identifié il y a quelques jours en Afrique du Sud, a été détecté dans plusieurs pays d'Europe depuis, et dernièrement en France. Sa virulence, sa contagiosité et sa résistance potentielle aux vaccins sont pour le moment à l'étude, et il faudra encore plusieurs jours, voire semaines, pour les évaluer.

Mais ce que montrent les premières observations de ce variant, c'est qu'il possède beaucoup plus de mutations que ceux ayant circulé jusque-là.

"Beaucoup plus de mutations"

Une première "image" de ce nouveau variant a été réalisée et publiée par le prestigieux hôpital Bambino Gesù de Rome. Sur cette image, "on voit bien que le variant Omicron présente beaucoup plus de mutations que le variant Delta (qui présente déjà en lui-même un grand nombre de mutations), concentrées avant tout dans une zone de la protéine qui interagit avec les cellules humaines", a expliqué l'équipe de chercheurs dans un communiqué paru dimanche.

"Le variant Omicron présente plus de mutations que d’autres souches de virus circulant dans la population", explique également à BFMTV.com Marie-Paule Kieny, virologue. Et plusieurs de ces mutations "sont situées dans des domaines de la protéine spike qui sont importantes pour l’attachement du virus sur les cellules humaines".

"Ce variant a une dizaine de mutations en plus que les variants Alpha ou Delta dans la protéine spike et on sait effectivement que c'est contre cette protéine que peuvent être dirigés les anticorps et qui est la base du vaccin", expliquait également sur BFMTV lundi Mylène Ogliastro, vice-présidente de la société française de virologie.

Comment toutes ces mutations sont-elles survenues?

Lorsqu'un virus entre dans un organisme, il se multiplie, et parmi ces photocopies de lui-même, certaines sont un peu différentes, des sortes d'erreurs de copies, ce qu'on appelle des mutations. Parmi ces "erreurs", "ne vont persister que celles qui donnent un avantage au virus", avait expliqué à BFMTV.com François Renaud, biologiste de l'évolution, directeur de recherches au CNRS.

Et pour expliquer la présence de tant de mutations dans un même variant, plusieurs théories sont sur la table. "Malheureusement, les taux de vaccination dans les pays africains sont très faibles, parce que ces pays n’ont pas eu à ce jour un accès équitable aux vaccins anti-Covid-19", souligne Marie-Paule Kieny. "Ces conditions facilitent la circulation du virus SARS-CoV-2, et cette circulation à haut niveau facilite la survenue de mutations".

Ce variant pourrait aussi être "le résultat d'une infection chronique chez une personne qui avait un déficit immunitaire sévère, une infection qui a pu durer plusieurs mois et qui fait que le virus au sein d'un individu a muté jusqu'à accumuler ces trente mutations qui ont fait ce qu'il est aujourd'hui", expliquait ce mardi sur France Inter l'épidémiologiste Arnaud Fontanet.

Autre théorie: "Des humains auraient pu transmettre le virus à des animaux sauvages, il aurait ensuite circulé entre eux avant de nous contaminer à nouveau", avance également dans Le Parisien Florence Débarre, chercheuse au CNRS en biologie évolutive, "mais ce n’est qu’une spéculation".

Qu'entraînent ces mutations?

Difficile aussi de savoir pour le moment ce que ces différentes mutations vont entraîner pour ce variant. Certaines "étaient connues, d’autres non", déclare ainsi Marie-Paule Kieny. "Ce variant présente un grand nombre de mutations, dont certaines sont préoccupantes", écrit de son côté l'OMS, qui a classé Omicron parmi les VOC (Variants Of Concern).

"A ce jour, nous savons qu’il présente 32 mutations, insertions ou délétions de la protéine Spike dont notamment la mutation N501Y qui a été associée à l’augmentation de la transmissibilité des variants alpha, béta et gamma", explique par exemple Santé Publique France. D'autres, pourraient "avoir un impact sur l’efficacité de la réponse immunitaire", sans compter l'effet combiné de toutes ces mutations ensemble.

"On s'attend effectivement à une diminution de l'efficacité des vaccins mais je rappelle qu'il y avait déjà une diminution avec le variant Delta, ce qui n'en rendait pas moins les vaccins efficaces", souligne de son côté Mylène Ogliastro. "Il faut attendre les résultats pour le moment nous n'en savons rien."

Salomé Vincendon Journaliste BFMTV