BA.2.12.1, BA.4, BA.5... Que sait-on des nouvelles sous-lignées d'Omicron?

Les nouveaux variants au Covid-19 continuent de se multiplier à une croissance variable en France et dans le monde. De quoi susciter les interrogations des scientifiques, certains cas étant jugés "préoccupants".

BA.2.12.1, BA.4, BA.5, XD, XE... De nouveaux acronymes font leur apparition, alors que le virus du Covid-19 continue de circuler en France et dans le monde, bien que le nombre de personnes hospitalisées soit en baisse dans l'Hexagone. Si le variant BA.2 est actuellement majoritaire sur le territoire français, des sous-lignages d'Omicron et des variants recombinants ont été détectés en France et ailleurs dans le monde dans depuis le début de l'année. Tour d'horizon de ces différentes souches et de leurs caractéristiques.

• BA.4

Classé comme "variant d'intérêt" par l'Organisation mondiale de la santé (OMS), le variant BA.4, issu d'Omicron, a été détecté pour la première fois en Afrique du Sud en janvier-février derniers, avant d'être repéré au Botswana, au Danemark, en Angleterre et en Écosse.

Ce variant est décrit comme assez similaire à un autre, le BA.2, même si sa protéine Spike possède plusieurs mutations en plus, dont l'une fait l'objet d'une potentielle inquiétude étant décrite "comme l’un des facteurs associés à la transmissibilité importante du variant Delta", selon Santé publique France. Autre sujet de préoccupation: le variant a été identifié comme un recombinant d'Omicron avec Omicron lui-même, selon Forbes. De quoi donner des casse-têtes aux chercheurs.

Aucune tranmission certaine n'a été repérée en Europe pour l'instant, mais le BA.4 fait l'objet d'une "surveillance renforcée" en France, rapporte Santé publique France. Il reste considéré comme "non préoccupant", alors qu'un seul cas a été identifié dans l'Hexagone.

• BA.5

Également identifié en début d'année en Afrique du Sud, le variant BA.5, issu lui aussi d'Omicron, est considéré comme "variant d'intérêt" par l'OMS. Jugé proche du BA.2, il a été majoritairement détecté en Afrique du Sud, ainsi qu'au Botswana jusqu'à présent.

Santé publique France reste malgré tout peu inquiète, soulignant que le variant BA.5, comme le BA.4, n'est "pas associé à une situation épidémiologique ou clinique préoccupante en Afrique du Sud où (les variants) circulent majoritairement".

Deux cas de BA.5 ont été identifiés jusqu'à présent en France, d'après Santé publique France.

• BA.2.12.1

Les cas grimpent à New York. Le variant Omicron BA.2.12.1 se répand comme une traînée de poudre ces derniers mois aux États-Unis, où il a causé 29% des nouvelles contaminations nationales la semaine passée, et il est même devenu le variant majoritaire dans la Grosse Pomme, selon Associated Press.

Très présent aux États-Unis, le variant a également été détecté dans au moins treize autres pays, notamment au Canada, en Autriche et au Danemark. Un cas a aussi été identifié en France.

Selon les scientifiques, le variant se diffuserait à un vitesse encore plus importante que le variant BA.2 qui représente actuellement la majorité des contaminations en France. Faut-il s'alarmer? Pour l'instant, la dangerosité reste un point d'interrogation, mais, selon les derniers chiffres, le nombre d'hospitalisation ne connaît pas de croissance particulièrement notable à New York.

• XE, XG, XH...: les variants recombinants de BA.1 et BA.2

Nommés XE, XG, XH, XJ, XL, ou encore XT, plusieurs variants recombinants ont été séquencés ces derniers mois principalement en Europe, comme au Royaume-Uni, au Danemark, en Finlande, en Allemagne, mais aussi en Israël ou encore en Inde, selon La Revue du praticien.

Environ 1200 cas de XE ont été détectés notamment début avril au Royaume-Uni, d'après un rapport de la UK Health Security Agency. Issu d'une combinaison entre les variants BA.1 et BA.2, le variant reste cependant ultra minoritaire, représentant moins de 1% des cas séquencés.

Proche du variant BA.2, dont il possède la majorité du génome, le variant XE aurait en revanche un taux de croissance supérieur de 12,6% à celui de BA.2, mais cette donnée est encore en cours d'analyse, le chiffre pouvant être lié à un changement de la politique des tests au Royaume-Uni, selon les autorités britanniques.

Considérés comme appartenant à Omicron, ces variants ont été détectés à des niveaux jusqu'à présent très faibles en France.

• XD delta-omicron

Une cinquantaine de cas de co-infection aux variants delta et omicron ont par ailleurs été détectés en France et un premier cas de recombinant XD delta-omicron a été séquencé en février, lors d’une enquête Flash de surveillance génomique de routine.

Ce recombinant regroupe dans son génome le sous-lignage du variant Delta ainsi que du variant Omicron. 77 cas ont été rapportés mi-avril en France, mais le variant reste plutôt stable, la majorité des cas ayant été identifiés dans des clusters familiaux, et n'a jamais dépassé plus de 0,1% des cas détectés.

Plus souvent associés à une perte du goût et de l'odorat que chez le variant Omicron, aucun cas contaminé au variant XD n'a fait l'objet d'une hospitalisation en soins critiques.

Juliette Desmonceaux