Préparation, séquençage, analyse: dans les coulisses de la traque des variants à l'Institut Pasteur

L'une de nos équipes a pu suivre les chercheurs de l'Institut Pasteur dans un reportage diffusé ce vendredi, observant étape par étape le déroulement de l'identification des variants du Covid-19.

Les tests PCR ne forment que le premier volet de la stratégie de détection des variants du Covid-19 pour en contrer la diffusion. Encore faut-il ensuite séquencer les cas positifs afin d'identifier les porteurs de ces déclinaisons du virus. BFMTV s'est fait ouvrir les portes de l'Institut Pasteur pour montrer, ce vendredi, le déroulement de cette traque scientifique.

Sylvie Behillil, co-responsable du Centre national de référence des virus respiratoires à l'Institut Pasteur, décrit les premières étapes à l'arrivée des tests positifs: "On va prendre un peu du prélèvement respiratoire qu’on va mettre dans ce nouveau tube. Et ensuite on va ajouter du tampon de lyse, le mettre à chauffer pour les inactiver puis extraire l’ARN du virus." Une première phase de préparation qui dure une journée complète.

1000 séquençages par semaine

Il s'agit ensuite de transformer cet ARN en ADN. "On a affaire au départ à un virus ARN. Il y a plein d’étapes qui nous permettent d’arriver à l’ADN. On va couper cet ADN en petits morceaux qui vont permettre de déterminer la présence ou non de mutations", décrit Vincent Enouf, responsable de la plateforme de séquençage à l'Institut Pasteur.

Cette deuxième période prend une demi-journée environ. Enfin, au tour de machines noires pourvues d'un écran et d'un clavier, les séquenceurs, de jouer. Ces appareils repèrent les variants dans un laps de temps allant de 26 à 32 heures. Ils opèrent 1000 séquençages chaque semaine. "Séquencer permet de réaliser une super surveillance, surtout sur l’identification de nouveaux symptômes du virus", explique encore Vincent Enouf.

Vers un nouveau cycle

Une fois la sentence du séquenceur rendue, on l'analyse à la lumière de la séquence du virus originel. Sur un ordinateur, le chercheur scrute une multitude de lignes striées de rouge, de vert, de bleu etc. Chaque ligne est un patient, chaque barre de couleur une mutation.

Si on établit un cas de variant, on embraye sur un nouveau cycle: le traçage des cas contacts.

Margaux de Frouville, Baptiste Keita, Anthony Lebbos, avec R.V.