Covid-19: quand a-t-il commencé à circuler en France?

Le covid-19 circulait-il déjà en France avant la confirmation des premiers cas le 24 janvier dernier? C'est la question qui se pose alors qu'en Italie et aux Etats-Unis, des chercheurs confirment que le virus était présent "de manière inaperçue".

C'était le 24 janvier dernier, la ministre de la Santé de l'époque Agnès Buzyn confirme que la France, à son tour, présente des cas de coronavirus. Ce jour-là, les autorités évoquent trois patients hospitalisés au CHU de Bordeaux et à l'hôpital parisien Bichat qui étaient rentrés de Chine après avoir séjourné à Wuhan, la grande ville chinoise où cette nouvelle infection est apparue en décembre. L'un de ces malades âgé de 80 ans, arrivé en France le 23 janvier, va décédé le 14 février. Il s'agit du premier décès lié au coronavirus sur le sol français.

Le 24 janvier, puis le 8 février à Contamines-Montjoie en Haute-Savoie, puis le 25 février à Crépy-en-Valois ou à Creil dans l'Oise.... les cas se multiplient. A l'époque, on parle de "cluster", c'est-à-dire un regroupement de cas de covid-19 dans un territoire limité. Dans les jours qui ont suivi, il n'est plus possible pour les autorités d'établir les chaînes de contaminations, la France passe au stade 2: les cas se multiplient pour atteindre au moins 160.000 cas confirmés dans l'hexagone. Une chronologie qui pourrait ne pas être si évidente.

"Le virus a circulé inaperçu" en Italie

En Italie, des chercheurs estiment que le virus a circulé bien avant les premiers cas recensés. "Le virus a circulé inaperçu pendant des semaines, avant les premiers cas avérés de la maladie" a expliqué au mois de février à l'AFP le professeur Massimo Galli, dont l'équipe a isolé la variante italienne du virus en seulement quatre jours. "Cela faisait longtemps que le virus était présent, peut-être déjà depuis la mi-janvier", a-t-il poursuivi, précisant que la version italienne "est certainement le résultat d'une mutation, d'autant que ce virus se modifie de personne à personne".

Une circulation discrète en Italie dès le mois de janvier, mais aussi aux Etats-Unis, où les premiers morts du coronavirus ont été annoncés le 26 février. Mais des autopsies réalisées en Californie sur des décès suspects montrent que des personnes sont mortes du Covid-19 dès le début du mois de février et que les contaminations ont eu lieu dans les jours ou semaines précédents. La Chine, premier foyer de l'épidémie, a elle annoncé son premier mort le 11 janvier. Pourtant, le premier cas de Covid-19 sur le territoire est signalé à Wuhan dès le 17 novembre, selon le South China Morning Post. L'Organisation mondiale de la santé indiquait en janvier que les premiers cas lui ont été signalés le 31 décembre par la Chine. 

Débat scientifique

A ce stade, les scientifiques n'ont pas un avis tranché sur la date d'arrivée du virus en France. "On appelle 'pneumopathie atypique', des maladies présentant des symptômes infectieux mais dont on ne peut déterminer l'agent infectieux, note François Bricaire, infectiologue et membre de l'Académie de médecine, joint par BFMTV.com. On voit ça tous les ans." Pour l'infectiologue, il ne serait pas improbable que des malades se soient présentés avec des symptômes du coronavirus sans que l'on puisse alors les identifier.

"Nous étions en pleine épidémie de grippe, rappelle encore l'infectiologue. Les médecins généralistes voyaient des grippes, ça s'est tassé, puis de nombreux cas de grippe se sont par la suite présentés mais avec de nouveaux symptômes."

"Une présence début janvier est très hautement probable, même peut-être avant", note auprès du Parisien Jean-François Guégan, directeur de recherche à l'Inra-Cirad et spécialiste de l'écologie des maladies infectieuses et parasitaires. Une étude menée par des chercheurs américains, britanniques et australiens, suggère que le virus a peut-être circulé pendant un certain temps sans danger pour l'Homme. François Bricaire confirme: "le virus a muté pour passer de l'animal à l'homme, mais ensuite il n'a plus muté, mais il est possible qu'il soit devenu plus intense."

"Il est possible qu'un ancêtre du SRAS-CoV-2 ait sauté chez l'homme, acquérant [de nouvelles caractéristiques génomiques] par le biais d'une adaptation au cours d'une transmission interhumaine non détectée", écrivent les chercheurs dans cette étude publiée dans la revue Nature médecine.

Une circulation "début février"

Pour d'autres scientifiques, cette hypothèse n'est pas valable. "Il est impossible qu'un virus identique au SARS-CoV-2 ait circulé bien plus tôt mais des formes similaires de ce virus ont pu avoir été transmises à l'homme sans que celles-ci ne conduisent à une pandémie", estime Stéphane Guindon, chercheur du CNRS au Laboratoire d'informatique, de robotique et de microélectronique de Montpellier. Le scientifique estime que les recherches en cours à partir des données scientifiques génétiques permettent d'estimer la date d'arrivée en France du virus. "avec une fourchette d'erreur d'une quinzaine de jours".

"Au plus tôt donc, le virus circulait sur le territoire, de manière locale, à partir de la mi-janvier", précise Stéphane Guidon.

Cette circulation, qui aurait vu ses chaînes de transmission s'éteindre, ne serait pas à l'origine de l'épidémie actuelle. Samuel Alizon, chercheur du CNRS au laboratoire Maladies infectieuses et vecteurs, date, dans son dernier rapport, le début de l'épidémie qui sévit actuellement "à début février". Le scientifique travaille actuellement sur les mécanismes de circulation du virus à partir des génomes, c'est-à-dire l'ensemble des gènes de ce même virus. "L’idée de la phylodynamique est que la manière dont les virus se propagent laisse des traces dans leur génome", détaille-t-il au Monde.

"Une centaine de séquences génétiques contient autant d’informations que celles recueillies avec l’ensemble des cas dépistés", poursuit Samuel Alizon.

Les chercheurs sont donc à la recherche d'information sur ce virus, alors qu'il existe quatre souches de coronavirus, que l'on retrouve dans le monde entier et dont les atteintes sont bénignes pour l'Homme. "Ces virus ont acquis un système de correction des erreurs lors de leur réplication, c'est-à-dire un maintien de l'intégrité génétique et à un moment il y a une pression de sélection qui pousse à ce que cette correction saute et on voit cette émergence de nouveau coronavirus", explique Isabelle Imbert, enseignante-chercheuse d’Aix-Marseille Université au laboratoire Architecture et fonction des macromolécules biologiques dans un podcast sur le site du CNRS. Outre dater le virus, la connaissance du génome du SARS-CoV-2 pourrait permettre de trouver un traitement.

Justine Chevalier